|
Animatrice : Dominique Tessier
> Membres de l’équipe
Stéphane Bansard, Dominique Bertrand, Virginie Lollier & Dominique Tessier.
> Objectifs
Créée en 2008, la cellule Bioinformatique et gestion de données s'intègre aux projets de recherche de l'unité incluant une composante bioinformatique. Elle prend en charge un projet de gestion des données produites par l'unité et plus particulièrement la plateforme BIBS avec la mise en place d'un système de capitalisation de données. De plus elle développe les méthodes de chimiométrie portant sur les données de grandes tailles provenant notamment de mesures physiques (spectroscopie vibrationnelle, RMN, masse, vision artificielle).
> Activités de recherche
- En collaboration avec l'équipe Paroi Végétale et Polysaccharides Pariétaux (PVPP) :
- Recherche de protéines candidates : exploitation des banques de protéines et d'EST; data mining sur des bases de données intégrant des données hétérogènes issues des -omics.
- Etude chimiométrique de données chromatographiques et spectroscopique.
- En collaboration avec l'équipe Assemblage des Protéines Végétales (APV) :
- Exploitation des résultats de l'analyse de protéomes.
- En collaboration avec l'équipe Allergie (ALL) :
- Développement de méthodes de prédiction d'épitopes in silico.
- Réalisation d'une base de données sur les allergènes.
- En collaboration avec la composante spectroscopie de masse de la plateforme BIBS, l'équipe Combi du LINA (Université de Nantes), l'unité MIA INRA-Toulouse :
- Développement de méthodes d'identification de protéines issues d'organismes non séquencés analysées en mélange par spectrométrie de masse.
- Avec cette même unité : exploitation de spectres RMN de produits cellulosiques, dans le but d'en évaluer le degré de cristallinité.
- En collaboration avec le laboratoire LERIA de l'université d'Angers :
- Développement de méthodes de prédiction de la localisation subcellulaire des protéines.
- En collaboration avec l'équipe Phénotype Multi-Echelles :
- Chimiométrie d'images numériques multivariée dans le cadre de l'action ANR NOMAC (phénotypage du blé dans une optique de qualité nutritionnelle).
> Développement de projets informatiques
- Développement du logiciel OVNIp ( Outil de Validation de séquences de Novo et des Identifications en protéomique)
- Développement d'un projet de capitalisation et d'archivage des données scientifiques
- Développement de logiciels de traitement chimiométriques de données provenant d'instruments de mesure (spectres et images numériques)
- Voir le site chimiométrie : http://easy-chemometrics.fr
> Techniques
- Développements de méthodes algorithmiques
- Développement de méthodes chimiométriques et statistiques
- Outils bioinformatiques: comparaisons de séquences, data mining, recherche de motifs.
- Système de gestion de données PostgreSQL, technologies WEB
- Gestionnaire de contenus Alfresco
- Développements de logiciels en Java, Perl, Python, Javascript, Matlab.
>Mots clés
BioInformatique - Logiciel - Identification Protéine - Alfresco - OVNIp - Prédiction épitopes, chimiométrie, data mining, analyse d'images.
> Publications
|
Contacts |
Plan du site | Recherche
| Horde Angers-Nantes
