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Un envahisseur en Europe : Xylella fastidiosa

L’analyse des souches introduites par des plants de caféier confirme l'adaptation de la bactérie à cet hôte.

Symptômes de brulures foliaires observées sur les caféiers. © Inra
Mis à jour le 17/03/2016
Publié le 10/03/2016

Xylella fastidiosa est une bactérie phytopathogène bien connue aux Amériques pour les dégâts qu’elle occasionne sur la vigne aux Etats-Unis et sur l’oranger au Brésil. Une souche de cette bactérie a récemment été introduite dans les Pouilles au Sud de l’Italie où elle occasionne des dégâts importants sur l’olivier. Cette bactérie figure sur la liste des organismes nuisibles de quarantaine et il y a obligation de lutter contre elle en Europe.

Dans le cadre d’une collaboration entre l’équipe EMERSYS de l’UMR IRHS, l’ANSES et Nestlé, nous avons confirmé la présence de souches de cette bactérie dans des plants de caféier arabica et robusta importés en France à partir d’Amérique latine à des fins de multiplication. Les plants contaminés ont été détruits ou conservés à des fins de recherche, et le foyer infectieux ainsi éradiqué (EPPO RS N°8 2012/165). Le typage de ces souches par analyse multiloci (sept gènes de ménage*) a révélé qu’elles étaient génétiquement diverses, phylogénétiquement positionnées à la limite de sous-espèces décrites (X. fastidiosa subsp. fastidiosa/sandyi et X. fastidiosa subsp. pauca) et qu’elles présentaient de nouvelles séquences pour deux des sept loci analysés, signalant des évènements de recombinaison génétique. L’analyse de leur séquence génomique montre par ailleurs que ces souches contaminant le caféier, bien qu’étant phylogénétiquement diverses, présentent des allèles particuliers pour certains gènes, preuve d’une adaptation à cet hôte. Ces travaux confirment l’importance de la recombinaison chez cette bactérie comme moteur évolutif et améliorent notre connaissance de la diversité de cet agent pathogène émergeant en Europe.

Symptômes de brûlures foliaires observés sur les caféiers (A) et colonies bactériennes sur milieu de culture, barre d’échelle : 1 cm (B).. © Inra
Symptômes de brûlures foliaires observés sur les caféiers (A) et colonies bactériennes sur milieu de culture, barre d’échelle : 1 cm (B). © Inra

Partenaires : une collaboration entre l’équipe EMERSYS de l’UMR IRHS, l’ANSES et Nestlé.

Publication associée : Jacques, M.-A., Denance, N., Legendre, B., Morel, E., Briand, M., Mississipi, S., Durand, K., Olivier, V., Portier, P., Poliakoff, F., & Crouzillat, D. (2015). New Variants of Coffee-infecting Xylella fastidiosa issued from homologous recombination. Appl. Envir. Microbiol., AEM.03299-03215

* codant pour des fonctions essentielles à la vie de la cellule

Contact(s)
Contact(s) scientifique(s) :

Département(s) associé(s) :
Santé des plantes et environnement
Centre(s) associé(s) :
Pays de la Loire