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Bactéries Xanthomonas : l'ADN révèle des secrets de famille

L’analyse des génomes révèle la proximité génétique d’agents pathogènes de l’artichaut et de la tomate.

Artichaut © M. Fischer Le Saux
Mis à jour le 22/01/2019
Publié le 21/01/2019

Les bactéries du genre Xanthomonas attaquent plus de 400 espèces végétales, parmi lesquelles de nombreuses espèces cultivées. Xanthomonas gardneri est l’une des espèces de Xanthomonas responsable de la gale bactérienne qui se caractérise par des taches nécrotiques sur feuilles et fruits de tomate et poivron ; cette maladie altère la qualité des fruits et entraine des pertes de rendement. Quant à elles, les souches de l’espèce Xanthomonas cynarae, identifiées pour la première fois en Bretagne et dans les Pays de Loire en 1954, sont responsables de la graisse de l’artichaut.

Le séquençage des génomes de représentants des espèces X. gardneri et X. cynarae a montré que les génomes de ces deux espèces partagent plus de 99 % d’identité nucléotidique moyenne. Une telle proximité génétique indique que ces bactéries appartiennent à la même espèce. Des tests croisés de pouvoir pathogène ont été réalisés avec les hôtes de ces deux espèces. Sur poivron, il a été montré que les souches de X. cynarae se multipliaient aussi bien que les souches de X. gardneri et qu’elles étaient capables de produire des symptômes typiques de la gale bactérienne. Sur tomate, en revanche, seule l’espèce X. gardneri est pathogène. Sur artichaut, bien qu’elles se multiplient, les souches de X. gardneri ne provoquent pas les lésions humides suintantes caractéristiques de la graisse de l’artichaut.

Ces résultats nous ont conduits à proposer une reclassification de ces deux agents pathogènes dans la même espèce bactérienne en tant que deux pathovars distincts. Cette nouvelle nomenclature reflète les liens de parenté qui unissent ces bactéries.

Inoculation artificielle de Xanthomonas cynarae pv. cynarae sur artichaut. © Inra, M. Fischer Le Saux
Inoculation artificielle de Xanthomonas cynarae pv. cynarae sur artichaut © Inra, M. Fischer Le Saux

Partenaires : ces résultats ont été obtenus dans le cadre d’une collaboration entre l’équipe de recherche EmerSys de l’unité IRHS (à Angers) et l’équipe du Pr. Jeffrey Jones de l’Université de Floride (USA).

Publication associée : Timilsina S, Kara S, Jacques MA, Potnis N, Minsavage GV, Vallad GE, Jones JB, Fischer-Le Saux M (2018). Reclassification of Xanthomonas gardneri (ex Šutič 1957) Jones et al. 2006 as a later heterotypic synonym of Xanthomonas cynarae Trébaol et al. 2000 and description of X. cynarae pv. cynarae and X. cynarae pv. gardneri based on whole genome analyses. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology and doi:10.1099/ijsem.0.003104

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Santé des plantes et environnement
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Pays de la Loire