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Cluster SysMics : Toward Systems Medicine based on Genomics [Initiative NeXT]

Anticiper l’émergence de la médecine systémique en co-développant 3 approches de criblage génomique à grande échelle.

Projet I-Site NExT SysMics
Mis à jour le 19/11/2018
Publié le 19/11/2018
Mots-clés :

Le projet SysMics a été sélectionné dans le cadre de la priorité scientifique Santé du Futur- Biothérapies innovantes de l’appel à projets de recherche interdisciplinaire de l’Initiative NeXT (Nantes Excellence Trajectory).

SysMics est un cluster intégré de recherche en génomique labellisé par l’I-SITE NExT, qui repose grandement sur l’infrastructure GenoBiRD. Il vise à fédérer la communauté NExT autour d’un objectif commun : anticiper l’émergence de la médecine systémique en co-développant 3 approches de criblage génomique à grande échelle : le séquençage de génomes de populations de patients, le profilage génomique sur cellules uniques et la méta-génomique appliquée au(x) microbiote(s).

SysMics a pour première mission de construire sur le site toutes les ressources nécessaires à l’implémentation ou la consolidation de ces 3 approches sur site. La seconde étape sera de combiner ces approches dans le contexte de projets pilotes en immunologie, hématologie and physiopathologie des maladies cardiovasculaires, métaboliques, respiratoire et neuro-digestives. Ces projets pilotes permettront la construction de profils individuels intégratifs, qui seront déterminants pour mieux comprendre les cascades d’évènements, de la naissance à l’âge adulte, conduisant à un état pathologique ou à un événement négatif dans le contexte d’une maladie chronique. Dès que possible, ces approches de recherche translationnelle seront adaptées et transférées vers le diagnostic moléculaire et la clinique.

Impact à 5 ans  sur notre compétitivité à l’international : SysMics va permettre à la communauté NExT de poursuivre la consolidation d’une communauté de recherche performante en génomique et bioinformatique, présentant une masse critique suffisante pour développer sur le site du CHU nantais une infrastructure de séquençage à grande échelle. En partageant leurs expériences en génétique humaine, en analyses génomiques sur cellules uniques et en méta-génomique pour la caractérisation du microbiote, les partenaires de SysMics seront progressivement en mesure d’appliquer des approches intégrées pour développer une médecine de précision appliquée à l’immunologie-transplantation, l’onco-hématologie, la gastro-entérologie, la cardiologie, et l’endocrinologie-nutrition.

 Contribution de l’UMR PHAN sur :

  • les techniques d’obtention et d’analyse du microbiote : de l’analyse bioinformatique à  l’intégration des données multiéchelles
  • des recherches autour de la métabolomique  
  • les mises au point techniques et l’analyse des données de transcriptomique et d’épigénétique sur cellule unique

Partenaires académiques du projet :

  • ITX (Inserm UMR 1087) Richard Redon (DR, Inserm)
  • LS2N (CNRS UMR 6004) Jérémie Bourdon (PR, UN)
  • CRTI (Inserm UMR 1064) L David (MCU-PH)
  • CRCINA (Inserm UMR 1232) Stéphane Minvielle (DR, CNRS)
  • TENS (Inserm UMR 1235) Michel Neunlist (DR, Inserm)
  • UMR PhAN (INRA, Université de Nantes  UMR 1280) Patricia Parnet (DR, INRA)
  •  CIC Nantes (Inserm CIC 1413) Pierre-Antoine Gourraud (PU-PH)
  • CHU Nantes, Antoine Magnan (PU-PH)

Partenaires externes :

  • Biofortis Mérieux NutriSciences, Françoise Le Vacon

Coordination : Richard Redon UMR Inserm 1087 CNRS 6291
Contact scientifique pour l’UMR PHAN : Patricia Parnet, Directrice de l’UMR PHAN Inra, Université de Nantes
En savoir plus sur l' infrastructure GenoBiRD (Infrastructure de Génomique et Bioinformatique): http://www.sfrsante.univ-nantes.fr/plates-formes/analyses-omiques-purification-et-criblage/genobird-infrastructure-de-genomique-et-bioinformatique-2288900.kjsp

Contact(s)
Contact(s) scientifique(s) :

Département(s) associé(s) :
Alimentation humaine
Centre(s) associé(s) :
Pays de la Loire