BIOMICS : Biomarqueurs Omiques de l’adaptation bactérienne [Pays de la Loire et Bretagne]

Méthodologie innovante associant transcriptomique, statistiques et modélisation pour évaluer la capacité des bactéries à survivre au stress.

Projet BIOMICS. © Inra-Oniris
Mis à jour le 10/11/2016
Publié le 26/09/2016

Pendant toute leur durée de vie, les produits alimentaires ne doivent pas présenter de risque pour la santé tout en conservant des caractéristiques nutritionnelles et organoleptiques satisfaisantes pour le consommateur. La détermination de la DLC (date limite de consommation) est de la responsabilité des industriels ; parmi les critères pris en compte pour cette détermination, la survie des bactéries pathogènes aux traitements de préservation, et leur capacité de croissance au cours des stockages réfrigérés sont fondamentaux. Une voie prometteuse pour améliorer la prévision du comportement bactérien est de considérer que les capacités d’adaptation des bactéries dépendent de leur histoire cellulaire.

L’objectif scientifique du projet Biomics est de concevoir une méthodologie innovante de recherche de biomarqueurs d’adaptation, couplant méthodes moléculaires de type transcriptomique et méthodes statistiques très robustes (méthodes probabilistes, analyses différentielles de l’expression de gènes), afin d’évaluer la capacité des bactéries à survivre au stress encouru lors de la transformation des produits. L’identification puis la quantification de ces biomarqueurs seront utilisées pour mieux prévoir le comportement bactérien et par conséquent mieux ajuster les DLC.

Ce projet portera sur les capacités adaptatives de trois pathogènes alimentaires :

  • Bacillus weihenstephanensis et Listeria monocytogenes dans la filière laitière, seront étudiés par l’Adria Quimper et le Lubem,  
  • Campylobacter jejuni dans la filière volaille, sera étudié par l'UMR Secalim et deux industriels de la filière.

Le projet Biomics est financé par les régions Bretagne et Pays de la Loire pour un durée de 4 ans (2016-2020)

Il est coordonné par le Pôle Agronomique Ouest et est porté par l'UMR Secalim et l’Adria de Quimper.

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