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DeepProt : vers une meilleure connaissance des protéomes [ANR générique]

L'interprétation des spectres obtenus par spectrométrie de masse

projet ANR DeepProt
Mis à jour le 07/09/2018
Publié le 07/09/2018

Le projet ANR DeepProt vise à améliorer la caractérisation des protéines grâce au décryptage des modifications chimiques qu’elles portent, qu'il s'agisse de modifications post-traductionnelles qui modulent le fonctionnement cellulaire ou de modifications induites par des procédés alimentaires, par exemple.

En s’appuyant sur une approche ‘big data’ de recherche de motifs dans de très grandes collections de spectres obtenus par spectrométrie de masse, le logiciel SpecOMS développé récemment dans le cadre d’une thèse par deux des partenaires du projet, a levé un verrou méthodologique pour l’identification de protéines modifiées. En s’appuyant sur ce développement, DeepProt souhaite maintenant relever le défi d’un meilleur taux d’interprétation des spectres.

En plus de l’élaboration de nouveaux algorithmes, DeepProt traitera les jeux de spectres issus de deux questions scientifiques majeures : l'étude des modifications protéiques induites par les procédés alimentaires (étude en relation avec l’allergénicité des aliments) et la métaprotéomique du microbiote intestinal (pour de nouvelles perspectives thérapeutiques).

Partenaires :
DeepProt s'appuie sur un consortium multidisciplinaire maîtrisant toute la chaîne d'une analyse protéomique :

  • l’unité BIA, coordinatrice du projet. Deux équipes de BIA sont impliquées dans DeepProt : la plateforme BIBS d’une part, et l’équipe Allergie d’autre part.
  • l’équipe Combi du LS2N (Laboratoire des Sciences du Numérique de Nantes)
  • la plateforme PAPPSO du Moulon
Contact(s)
Contact(s) scientifique(s) :

Département(s) associé(s) :
Caractérisation et élaboration des produits issus de l’agriculture
Centre(s) associé(s) :
Pays de la Loire