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MetaSEED ["pari scientifique" Région Pays de la Loire]

Les communautés microbiennes associées aux semences peuvent assurer une meilleure performance des cultures.

Composition semences variées Agri-Obtentions. © WEBER Jean
Mis à jour le 08/07/2014
Publié le 01/07/2014

Les semences sont vectrices d’agents pathogènes très variés et d’une microflore dont le rôle est généralement méconnu et sans doute sous-estimé et sous-exploité. Pour améliorer la qualité sanitaire des semences et l’installation des cultures, de nouveaux traitements doivent être proposés dans le contexte actuel de réduction de l’utilisation des produits phytosanitaires. L’une de ces méthodes alternatives consisterait à utiliser des microorganismes en enrobage de semences. Cette lutte biologique se heurte cependant à des variations d’efficacité pouvant être en partie expliquées par l’activité des communautés microbiennes indigènes des semences. Il en est de même pour le priming, opération effectuée pour garantir une germination homogène des lots. Ainsi il est nécessaire de comprendre les liens fonctionnels qu’établissent les membres de ces communautés entre eux et avec la plante pour améliorer la santé des cultures dont elles sont issues. Atteindre cet objectif passe par la compréhension de la dynamique de la structure des communautés microbiennes associées aux semences et l’étude de leur fonctionnement. Les nouveaux développements technologiques comme la métagénomique, permettent aujourd’hui des études écologiques exhaustives des communautés microbiennes. C’est ce type d’approche qui est actuellement mis en œuvre dans le projet metaSEED pour étudier les communautés microbiennes associées aux semences.

MetaSEED est un projet de recherche interdisciplinaire mettant en jeu des compétences dans les domaines de l’écologie microbienne, de la taxonomie, des interactions moléculaires entre micro-organismes et plantes, de la bioinformatique et des mathématiques.

Le projet metaSEED a été retenu à la suite de l’appel à projets « paris scientifiques régionaux »  lancé par la Région des Pays de la Loire en 2013 et a officiellement débuté le 1er janvier 2014 pour une durée de trois jusqu’à fin 2016. La gestion scientifique du projet est sous la responsabilité d’un coordinateur scientifique (Matthieu BARRET, équipe EmerSys unité IRHS, Centre INRA Angers-Nantes -Université d’Angers – Agrocampus Ouest) assisté par trois autres représentants de chaque partenaire principal du projet : Marie-Agnès JACQUES (EmerSys, unité IRHS), Claire CAMPION (FungiSem, unité IRHS) et Philippe SIMONEAU (FungiSem, unité IRHS).
Le projet est porté par :

  • 2 partenaires principaux
    • l'équipe EmerSys de l’IRHS (UMR Inra-Agrocampus Ouest- Université d'Angers),
    • l'équipe FungiSem de l’IRHS (UMR Inra-Agrocampus Ouest- Université d'Angers),
  • 4 partenaires associées
    • UPRES EA 3859-Université d’Angers,
    • la plateforme Bioinformatique GenOuest,
    • l'entreprises semencières Vilmorin,
    • l'entreprises semencières HM-Clause.

Par ailleurs, les producteurs de semences, par l’intermédiaire de la Fédération Nationale des Agriculteurs Multiplicateurs de Semences (FNAMS) seront également représentés dans ce projet de recherche.

Ce projet s’inscrit comme un point de départ pour le développement d’approches métagénomiques au sein du pôle végétal Régional.

Contact(s)
Contact(s) scientifique(s) :

Centre(s) associé(s) :
Pays de la Loire