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Vient de paraître :  La métagénomique - Développements et futures applications

Après l’ère de la génomique, la métagénomique a envahi le domaine de la biologie. Permettant l’exploration du contenu génétique d’un échantillon issu d’un environnement complexe (sol, eau, végétal, microbiote animal, aliment, etc.), via le séquençage de l’ADN, la métagénomique repousse les limites imposées par la culture en milieu de laboratoire. Elle se caractérise par une production rapide et massive de données, et des traitements informatiques conséquents afin d’en retirer une information exploitable.

Cet ouvrage fait le point sur les différentes technologies et les méthodes de production et d’analyses de données actuellement disponibles dans ce domaine. Il présente un panel des champs d’applications — agriculture, environnement, agroalimentaire et santé — qui bénéficient de l’apport de ces techniques pour mieux décrypter la diversité du monde vivant microbiologique.. © Inra
Mis à jour le 16/02/2015
Publié le 16/02/2015

Description

Cet ouvrage fait le point sur les différentes technologies et les méthodes de production et d’analyses de données actuellement disponibles dans ce domaine. Il présente un panel des champs d’applications — agriculture, environnement, agroalimentaire et santé — qui bénéficient de l’apport de ces techniques pour mieux décrypter la diversité du monde vivant microbiologique.
Il permettra aux étudiants, enseignants, chercheurs ou ingénieurs, quelle que soit leur spécialité en sciences de la vie ou de la Terre, de comprendre ces nouvelles approches, leurs mises en œuvre et leurs limites.

Collection Savoir-Faire
Éditions Quæ, 2015
120 pages
ISBN 978-2-7592-2293-3, référence 02474

Info sur www.quae.com/fr/r4101-la-metagenomique.html

Sommaire

Chapitre 1. Techniques et matériels pour la production des données brutes de séquençage métagénomique

  • Introduction
  • Design expérimental et échantillonnage
  • Préparation des échantillons et extraction des acides nucléiques
  • Le séquençage à haut débit
  • Les banques de clones d’ADN métagénomique
  • Conclusion
  • Références bibliographiques

Chapitre 2. Analyse des données, logiciels, transformation des data en information, utilisation et modélisation des données

  • Introduction
  • Assemblage
  • Assignation taxonomique
  • Classification non supervisée
  • Prédiction de parties codantes
  • Analyse fonctionnelle
  • Intégration des outils
  • Références bibliographiques

Chapitre 3. Découverte de nouvelles fonctions et familles protéiques : nouveaux défis pour les biotechnologies et l’écologie microbienne

  • Introduction
  • Stratégies d’échantillonnage
  • Le criblage fonctionnel : nouveaux défis pour la découverte de fonctions
  • Conclusion
  • Références bibliographiques

Chapitre 4. Microbiote intestinal et typage

  • Introduction
  • Métagénome du microbiote intestinal humain
  • Dysfonctions du microbiome intestinal et pathologies
  • Conclusion
  • Références bibliographiques

Chapitre 5. Communautés microbiennes des aliments

  • Introduction
  • Les techniques à haut débit ciblées pour approfondir la connaissance des communautés microbiennes des aliments
  • Exemples d’études métagénomiques sur des aliments
  • Conclusion et perspectives
  • Références bibliographiques

Chapitre 6. Microbiome du sol

  • Introduction
  • Exploration et exploitation des ressources génétiques de sols modèles
  • Biogéographie et gestion des communautés microbiennes des sols
  • Conclusion et perspectives
  • Références bibliographiques

Chapitre 7. Métagénomique environnementale

  • Des gènes aux génomes
  • Communautés microbiennes complexes
  • L’exemple des écosystèmes arséniés
  • Conclusion et perspectives
  • Références bibliographiques

Chapitre 8. Microbiomes de la phyllosphère

  • Introduction
  • La phyllosphère, un habitat extrême pour les micro-organismes
  • Premières études métagénomiques
  • Une mine de données génomiques à explorer
  • Limites de l’approche métagénomique
  • Promesses de l’étude métagénomique des microbiomes de phyllosphère
  • Références bibliographiques

Synthèse et perspectives

  • L’apport de l’évolution de la technologie de séquençage
  • La caractérisation des écosystèmes de domaines très variés
  • Les différentes facettes de l’exploration du vivant par la métagénomique
  • Les limites de la métagénomique
  • Les défis futurs

En savoir plus

Les auteurs

 

Marie-Christine Champomier-Vergès, docteur en microbiologie, est directrice de recherche à l’Inra. Au sein de l’unité Microbiologie de l’alimentation au service de la santé (Micalis), elle dirige une équipe dont les travaux, portant sur l’analyse de l’écosystème des produits carnés par la métagénomique et la métatranscriptomique, sont tournés vers l’innovation pour le développement des approches de bioconservation de ces produits.

 

Monique Zagorec, docteur en génétique moléculaire, est directrice de recherche à l’Inra dans l’unité Sécurité des aliments et microbiologie (Secalim). Après avoir travaillé sur la bactérie lactique emblématique de la viande, Lactobacillus sakei, ses recherches portent aujourd’hui sur les communautés bactériennes des aliments carnés, en particulier la viande de volaille afin d’en améliorer la salubrité et la sécurité microbiologique.