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Colloque MetaSEED

Une cinquantaine de chercheurs et professionnels de la filière ont assisté aux conférences et ateliers organisés dans le cadre de la journée thématique sur le microbiote lors du colloque MetaSEED qui s'est tenu à Angers le 17 novembre 2016.

Colloque MetaSEED, 17 novembre 2016 à Angers. © Végépolys
Mis à jour le 09/12/2016
Publié le 05/12/2016
Mots-clés :

Le projet régional

MetaSEED est un projet de recherche régional visant à étudier la diversité des communautés de micro-organismes associées aux semences par des approches de type métagénomique. Ces approches sont basées sur le séquençage ciblé ou aléatoire d'échantillons collectés au sein de différents ecosystèmes comme les océans, les sols, les aliments ou le tube digestif.

Le projet MetaSEED est porté par 2 partenaires principaux :

  • l'équipe EmerSys de l'UMR IRHS (Inra, Agrocampus ouest, Université d'Angers)
  • l'équipe FungiSem de l'UMR IRHS (Inra, Agrocampus ouest, Université d'Angers)

Ainsi que 4 partenaires associés :

  • l'UPRES EA 3859-Université D'Angers,
  • la plateforme Bioinformatique GenOuest,
  • l'entreprise semencière Vilmorin,
  • l'entreprise semencière HM-Clause.

Par ailleurs, les producteurs de semences, par l'intermédiaire de la Fédération Nationale des Agriculteurs Multiplicateurs de Semences (FNAMS), sont également représentés dans ce projet de recherche.

En savoir plus : http://www.vegepolys.eu/colloque-metaseed/le-projet/

Au programme de la journée du 17 novembre

Table ronde au colloque MetaSEED. © Végépolys
Table ronde au colloque MetaSEED © Végépolys
La journée, organisée par Végépolys et les porteurs du projet, a débuté par une série de conférences, présentant l'impact du microbiote sur différents écosystèmes (aliments, sol, végétaux) puis a été suivie d'une table ronde. Enfin des ateliers théoriques et pratiques dédiés aux constructions de banques de séquençage ainsi qu'à l'analyse des données de métabarcoding et métagénomique se sont déroulés l'après-midi.

Le programme et les présentations sont disponibles sur le site du colloque : http://www.vegepolys.eu/colloque-metaseed/programme/

  • Les apports de la métagénomique pour mieux gérer les communautés bactériennes contaminant la viande
    par Monique ZAGOREC (UMR Inra-Oniris Secalim Nantes)
  • Métagénomique du sol : Intérêts et limites
    par Catherine LAROSE (Laboratoire Ampère, UMR CNRS 5005, Ecole Centrale Lyon)
  • Diversité microbienne des environnements forestiers
    par Aurélie DEVEAU (UMR1136 IAM, Nancy)
  • Diversité microbienne associée aux semences : principaux résultats du projet metaSEED
    par Matthieu BARRET (UMR1345 IRHS Inra/Agrocampus Ouest/Université d'Angers, Angers)
  • Table ronde : "quels sont les potentiels de la métagénomique pour la filière végétale ?"
    avec Matthieu BARRET (chercheur à l'UMR IRHS - Inra/Agrocampus Ouest/Université d'Angers - et porteur du projet metaSEED), Thomas BALDWIN (responsable du pôle détection pathogènes et OGM au GEVES), Bertrand DELAUNOIS (responsable R&D chez Lallemand Plant Care), Hubert LYBEERT (responsable de l'équipe recherche en pathologie des semences de HM Clause) et Cécile HAMON (responsable R&D biologie moléculaire chez VEGENOV)
  • Ateliers théoriques et pratiques
    • Construction de banques de séquençage
    • Analyses des données de barcoding : présentation du pipeline metauto.
Contact(s)
Centre(s) associé(s) :
Pays de la Loire