2013

Sommaire
  1. Introduction
  2. Faits marquants 2013 de l'UMR PANTHER
  3. Cutine de tomate - Le secret de la formation de la peau des fruits enfin dévoilé
  4. Faits marquants 2013
  5. Performances des vaches laitières et Bluetongue - Bénéfice/risque de la vaccination
  6. Taxinomie du genre Cytisus - Révision de la délimitation des taxons sauvages
  7. Emploi et stages
  8. Mastication virtuelle - Simulation de la fragmentation orale d’aliments céréaliers alvéolaires
  9. Phenotypage par imagerie de fluorescence de chlorophylle - Quantification de symptômes sur feuille
  10. Le Campus du Végétal
  11. Ad Litteram
  12. La cellulose pour stabiliser de l’huile en gel - Des émulsions sans tensioactifs !
  13. Architecture du rosier et environnement - Implication des strigolactones dans le débourrement ?
  14. Modèle de compartimentation - Microbilles biosourcées à 2 faces
  15. Prix de thèse 2013 d’Oniris
  16. Résistance du pommier au feu bactérien - Le double rôle de la phloridzine
  17. Durabilité des multirésistances chez les plantes - Modèle d’adaptation d’un pathogène
  18. "Redonner confiance à la production lait"
  19. Difficultés alimentaires des enfants - La prématurité est-elle un facteur aggravant ?
  20. Antibiothérapie infantile - Facteur de risque d’obésité adulte ?
  21. Biopolymères 2013
  22. Mettre du terroir dans son vin
  23. Quand le vin a soif de recherches
  24. Des outils pour l'agroalimentaire
  25. 64ème congrès international de la Fédération Européenne de Zootechnie
  26. Rapport Faits Marquants 2012 SFR Quasav et partenaires
  27. Les effets redistributifs des décisions françaises relatives à la PAC post-2015
  28. Allergie alimentaire - Prévention par des prébiotiques
  29. Agreenskills
  30. Des plantes et des hommes
  31. Emmanuelle Chevassus-Lozza et Karine Latouche ont reçu le prix du meilleur article 2012 de la revue ERAE
  32. Débat sciences-société, 20 juin 2013
  33. Les paysages ont-ils une influence sur les maladies transmises par les tiques ?
  34. Un grain sous toutes les coutures
  35. Mignonne, allons voir… pourquoi la rose refleurit 
  36. Le secteur laitier à la croisée des chemins.
  37. Votre point de vue nous intéresse : comment rendre l'agriculture biologique plus compétitive ?
  38. Colloque Inra au Salon de l'Agriculture : la PAC a cinquante ans, le bel âge ?
  39. Rencontre Bio-économie au SIA 2013
  40. Rencontre Protéines et alimentation au SIA 2013
  41. Lancement du programme FloRHiGe
  42. Stimulateurs de défense naturelle des plantes
  43. L'INRA et AGROCAMPUS OUEST consolident leur coopération scientifique

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    L'INRA et AGROCAMPUS OUEST consolident leur coopération scientifique

  44. Des passagers clandestins à l’intérieur des tiques - Une histoire de poupées russes
  45. Matthieu Barret : comprendre le fonctionnement des communautés microbiennes associées aux semences
  46. Tavelure du pommier : sur la piste d’un 2ème responsable
  47. Nouvelle plaquette du centre Inra Angers-Nantes
  48. L'oeuf aux trésors

Phenotypage par imagerie de fluorescence de chlorophylle - Quantification de symptômes sur feuille

La quantification de symptômes sur feuille permet d’évaluer le niveau de résistance de la plante aux bio-agresseurs. L’estimation visuelle de la quantité de symptômes manque souvent de précision, et présente des biais liés à la subjectivité des notateurs. En revanche, un phénotypage fondé sur des approches d’analyse automatisée d’images permet d’envisager un traitement calibré visant à éliminer de tels problèmes, ainsi qu’une hausse substantielle des débits par rapport au phénotypage visuel.

Mis à jour le 29/08/2013
Publié le 12/07/2013
Mots-clés :

De nombreux stress, dont les stress biotiques, altèrent le rendement de fluorescence de la chlorophylle. L’imagerie de fluorescence de chlorophylle permet d’associer à chaque pixel de la feuille une mesure de rendement de fluorescence de chlorophylle. Pour chacune des mesures, l’algorithme que nous avons développé attribue une probabilité d’appartenance à du tissu sain ou malade. La surface symptomatique totale correspond au nombre de pixels "malades".

Plus les symptômes sont avancés, plus le rendement de fluorescence de chlorophylle est faible. Parmi les pixels "malades", plusieurs classes de pixels sont déterminées en fonction de leur valeur de rendement de fluorescence de chlorophylle. Ainsi, les classes obtenues représentent les différents degrés d’avancement des symptômes et cette mesure de l’intensité des symptômes peut compléter la mesure de la surface foliaire totale présentant des symptômes.

Notre technique est exempte de l’a priori de l’observation visuelle par des notateurs experts, et peut être adaptée à de nombreux pathosystèmes, présentant ainsi un intérêt générique pour le phénotypage de la résistance des végétaux aux bio-agresseurs.

Contact :

Tristan BOUREAU, unité IRHS
tristan.boureau@univ-angers.fr

Référence :
Rousseau C., Belin E., Bove E., Rousseau D., Fabre F., Berruyer R., Guillaumès J., Manceau C., Jacques M.A., Boureau T. (2013). High throughput quantitative phenotyping of plant resistance using chlorophyll fluorescence image analysis. Plant Methods 2013, 9:17.