2013

Sommaire
  1. Introduction
  2. Faits marquants 2013 de l'UMR PANTHER
  3. Cutine de tomate - Le secret de la formation de la peau des fruits enfin dévoilé
  4. Faits marquants 2013
  5. Performances des vaches laitières et Bluetongue - Bénéfice/risque de la vaccination
  6. Taxinomie du genre Cytisus - Révision de la délimitation des taxons sauvages
  7. Emploi et stages
  8. Mastication virtuelle - Simulation de la fragmentation orale d’aliments céréaliers alvéolaires
  9. Phenotypage par imagerie de fluorescence de chlorophylle - Quantification de symptômes sur feuille
  10. Le Campus du Végétal
  11. Ad Litteram
  12. La cellulose pour stabiliser de l’huile en gel - Des émulsions sans tensioactifs !
  13. Architecture du rosier et environnement - Implication des strigolactones dans le débourrement ?
  14. Modèle de compartimentation - Microbilles biosourcées à 2 faces
  15. Prix de thèse 2013 d’Oniris
  16. Résistance du pommier au feu bactérien - Le double rôle de la phloridzine
  17. Durabilité des multirésistances chez les plantes - Modèle d’adaptation d’un pathogène
  18. "Redonner confiance à la production lait"
  19. Difficultés alimentaires des enfants - La prématurité est-elle un facteur aggravant ?
  20. Antibiothérapie infantile - Facteur de risque d’obésité adulte ?
  21. Biopolymères 2013
  22. Mettre du terroir dans son vin
  23. Quand le vin a soif de recherches
  24. Des outils pour l'agroalimentaire
  25. 64ème congrès international de la Fédération Européenne de Zootechnie
  26. Rapport Faits Marquants 2012 SFR Quasav et partenaires
  27. Les effets redistributifs des décisions françaises relatives à la PAC post-2015
  28. Allergie alimentaire - Prévention par des prébiotiques
  29. Agreenskills
  30. Des plantes et des hommes
  31. Emmanuelle Chevassus-Lozza et Karine Latouche ont reçu le prix du meilleur article 2012 de la revue ERAE
  32. Débat sciences-société, 20 juin 2013
  33. Les paysages ont-ils une influence sur les maladies transmises par les tiques ?
  34. Un grain sous toutes les coutures
  35. Mignonne, allons voir… pourquoi la rose refleurit 
  36. Le secteur laitier à la croisée des chemins.
  37. Votre point de vue nous intéresse : comment rendre l'agriculture biologique plus compétitive ?
  38. Colloque Inra au Salon de l'Agriculture : la PAC a cinquante ans, le bel âge ?
  39. Rencontre Bio-économie au SIA 2013
  40. Rencontre Protéines et alimentation au SIA 2013
  41. Lancement du programme FloRHiGe
  42. Stimulateurs de défense naturelle des plantes
  43. L'INRA et AGROCAMPUS OUEST consolident leur coopération scientifique

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    L'INRA et AGROCAMPUS OUEST consolident leur coopération scientifique

  44. Des passagers clandestins à l’intérieur des tiques - Une histoire de poupées russes
  45. Matthieu Barret : comprendre le fonctionnement des communautés microbiennes associées aux semences
  46. Tavelure du pommier : sur la piste d’un 2ème responsable
  47. Nouvelle plaquette du centre Inra Angers-Nantes
  48. L'oeuf aux trésors

Matthieu Barret : comprendre le fonctionnement des communautés microbiennes associées aux semences

Jeune chercheur recruté au Département Santé des Plantes et Environnement en 2012, Matthieu Barret travaille actuellement à l'unité "Institut de Recherche en Horticulture et Semences" à Angers sur l'exploration fonctionnelle des communautés microbiennes associées aux semences. Nous avons posé cinq questions à ce jeune chercheur pour découvrir son métier, ses motivations et son projet de recherche.

Mis à jour le 26/06/2014
Publié le 17/03/2014
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Matthieu Barret a effectué son doctorat au sein de l’ex-unité BiO3P (nouvellement IGEPP) du centre INRA de Rennes. Au cours de sa thèse, il s'est principalement intéressé aux mécanismes moléculaires participant à la formation et au fonctionnement des communautés mixtes bactéries-champignons au sein de la rhizosphère. Il a ensuite réalisé un séjour post-doctoral au BIOMERIT Research Centre (University College Cork, Irlande) de 3 ans où il a étudié la contribution potentielle des systèmes de sécrétions bactériens dans la colonisation de la rhizosphère par des bactéries du sol apparentées au genrePseudomonas.

Matthieu Barret travaille actuellement à l’Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS, UMR 1345, Centre INRA Angers-Nantes) dans l’équipe EmerSys (Emergence, Systématique et écologie des bactéries phytopathogènes) sur l'exploration fonctionnelle des communautés microbiennes associées aux semences.

Ses études :

  • DEUG Biologie SV Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand
  • Licence Biologie Cellulaire et Physiologie Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand
  • Maîtrise Biologie Cellulaire et Physiologie Université de Rennes 1
  • Master 2 Recherche Microbiologie Université de Rennes 1

Pourquoi avez-vous choisi cette voie ? Et quelles sont, selon vous, les principales qualités pour devenir chercheur ?

Après l’obtention de mon baccalauréat, j’ai décidé de m’orienter vers une formation axée vers l’enseignement des Sciences de la Vie et de la Terre. Lors de ma Licence, j’ai découvert « le monde microbien » à travers des modules d’initiation à la Microbiologie. Après avoir effectué plusieurs stages de recherche, j’ai décidé de continuer à étudier ces micro-organismes dans différents biotopes. Ces différentes expériences professionnelles m’ont permis d’être recruté en tant que chargé de recherche à l’INRA. Je pense que l’esprit critique et la patience sont les deux principales qualités nécessaires à la pratique d’une activité scientifique.

Pouvez-vous nous dire quelques mots sur votre projet de recherche "Exploration fonctionnelle des communautés microbiennes associées aux semences" ?

L’enjeu de mon projet de recherche vise à comprendre le fonctionnement des communautés microbiennes associées aux semences pour assurer, à terme, une gestion optimale et une meilleure performance des cultures. Atteindre cet objectif passe par la compréhension de la structure de ces communautés microbiennes associées aux semences et l’étude de leur fonctionnement. Les nouveaux développements technologiques comme la métagénomique, permettent aujourd’hui des études écologiques exhaustives des communautés microbiennes. C’est ce type d’approche que je souhaite mettre en œuvre au cours de mon projet de recherche pour étudier les communautés microbiennes associées aux semences.

Quel est l'intérêt d'un tel projet ?

Les semences sont vectrices d’agents pathogènes très variés et d’une microflore dont le rôle est généralement méconnu et sans doute sous-estimé et sous-exploité. Pour améliorer la qualité sanitaire des semences et l’installation des cultures, de nouveaux traitements doivent être proposés dans le contexte actuel de réduction de l’utilisation des produits phytosanitaires (Ecophyto 2018). L’une de ces méthodes alternatives consisterait à utiliser des microorganismes en enrobage de semences. Cette lutte biologique se heurte cependant à des variations d’efficacité pouvant être en partie expliquées par l’activité des communautés microbiennes indigènes des semences. Il en est de même pour le priming, opération effectuée pour garantir une germination homogène des lots. Ainsi il est nécessaire de comprendre les liens fonctionnels qu’établissent les membres de ces communautés entre eux et avec la plante pour améliorer la santé des cultures dont elles sont issues.

Quels sont vos impressions sur les premiers mois passés dans votre laboratoire ?

Depuis mon arrivée, j’ai été soutenu activement par l’ensemble des membres de l’équipe d’accueil et plus globalement par le personnel de l’IRHS. Je travaille en collaboration étroite avec deux techniciennes de recherche et un assistant ingénieur. Ces agents sont un soutien précieux pour la réalisation de notre projet de recherche. Par ailleurs, l’équipe EmerSys a mis à ma disposition des moyens financiers qui ont permis d’engager les premiers travaux de recherche. Enfin j’ai également obtenu le soutien financier de la Région des Pays de la Loire pour trois années.

Que voulez-vous faire dans les prochaines années ?

Après avoir caractérisé en partie la composition des communautés microbiennes associée aux semences, je souhaiterai reconstruire des communautés microbiennes artificielles simplifiées en utilisant des souches représentatives des populations microbiennes majoritairement associées aux semences. Ces communautés artificielles devraient faciliter l’étude des mécanismes moléculaires impliqués dans les interactions entre micro-organismes et des fonctions nécessaires à la colonisation et la survie au sein des semences.

Contact

Matthieu BARRET
UMR1345 IRHS Institut de Recherche en Horticulture et Semences, centre INRA Angers-Nantes
matthieu.barret@angers.inra.fr