2013

Sommaire
  1. Introduction
  2. Faits marquants 2013 de l'UMR PANTHER
  3. Cutine de tomate - Le secret de la formation de la peau des fruits enfin dévoilé
  4. Faits marquants 2013
  5. Performances des vaches laitières et Bluetongue - Bénéfice/risque de la vaccination
  6. Taxinomie du genre Cytisus - Révision de la délimitation des taxons sauvages
  7. Emploi et stages
  8. Mastication virtuelle - Simulation de la fragmentation orale d’aliments céréaliers alvéolaires
  9. Phenotypage par imagerie de fluorescence de chlorophylle - Quantification de symptômes sur feuille
  10. Le Campus du Végétal
  11. Ad Litteram
  12. La cellulose pour stabiliser de l’huile en gel - Des émulsions sans tensioactifs !
  13. Architecture du rosier et environnement - Implication des strigolactones dans le débourrement ?
  14. Modèle de compartimentation - Microbilles biosourcées à 2 faces
  15. Prix de thèse 2013 d’Oniris
  16. Résistance du pommier au feu bactérien - Le double rôle de la phloridzine
  17. Durabilité des multirésistances chez les plantes - Modèle d’adaptation d’un pathogène
  18. "Redonner confiance à la production lait"
  19. Difficultés alimentaires des enfants - La prématurité est-elle un facteur aggravant ?
  20. Antibiothérapie infantile - Facteur de risque d’obésité adulte ?
  21. Biopolymères 2013
  22. Mettre du terroir dans son vin
  23. Quand le vin a soif de recherches
  24. Des outils pour l'agroalimentaire
  25. 64ème congrès international de la Fédération Européenne de Zootechnie
  26. Rapport Faits Marquants 2012 SFR Quasav et partenaires
  27. Les effets redistributifs des décisions françaises relatives à la PAC post-2015
  28. Allergie alimentaire - Prévention par des prébiotiques
  29. Agreenskills
  30. Des plantes et des hommes
  31. Emmanuelle Chevassus-Lozza et Karine Latouche ont reçu le prix du meilleur article 2012 de la revue ERAE
  32. Débat sciences-société, 20 juin 2013
  33. Les paysages ont-ils une influence sur les maladies transmises par les tiques ?
  34. Un grain sous toutes les coutures
  35. Mignonne, allons voir… pourquoi la rose refleurit 
  36. Le secteur laitier à la croisée des chemins.
  37. Votre point de vue nous intéresse : comment rendre l'agriculture biologique plus compétitive ?
  38. Colloque Inra au Salon de l'Agriculture : la PAC a cinquante ans, le bel âge ?
  39. Rencontre Bio-économie au SIA 2013
  40. Rencontre Protéines et alimentation au SIA 2013
  41. Lancement du programme FloRHiGe
  42. Stimulateurs de défense naturelle des plantes
  43. L'INRA et AGROCAMPUS OUEST consolident leur coopération scientifique

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    L'INRA et AGROCAMPUS OUEST consolident leur coopération scientifique

  44. Des passagers clandestins à l’intérieur des tiques - Une histoire de poupées russes
  45. Matthieu Barret : comprendre le fonctionnement des communautés microbiennes associées aux semences
  46. Tavelure du pommier : sur la piste d’un 2ème responsable
  47. Nouvelle plaquette du centre Inra Angers-Nantes
  48. L'oeuf aux trésors

Emploi et stages

Offres disponible sur le centre Inra Angers-Nantes Pays de la Loire

Mis à jour le 15/04/2014
Publié le 06/12/2013
Mots-clés :

Offres 1 : offre de thèse

Laboratoire d'accueil : BIA - Biopolymère Interaction Assemblage
Equipe :  Assemblages Nanostructurés
Début de thèse : septembre 2014

Description :
The research fields of the Nanostructured Assemblies team at the Biopolymers Interactions Assemblies Research Unit in Nantes (France) include elaboration of functional assemblies/materials that take advantage of the information provided by biopolymers. The team’s activities are divided into analogs and biomimetic assemblies model of plant cell wall and bio-sourced innovative nano(micro)structured materials.

Nanostructured Assemblies team has an open position in the field of constrained biopolymers assembly using droplets microfluidics. The research concerns the conception of microparticles with innovative architecture based on mixtures of biopolymers. Plant protein-polysaccharide mixtures will be considered in this project. Water-in-oil and water-in-water emulsion using droplets microfluidics will be used to generate “green microparticles” for new food ingredients and controlled release or cell biology applications. This fundamental research activity will be conducted during three years in the frame of the Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) - Region Pays de Loire. 

date limite de candidature : 30 avril 2014

En savoir plus >>>  PhD position

Contact :  drenard@nantes.inra.fr

Offre 2 : Offre de thèse

"Spécificité d’hôte chez les bactéries phytopathogènes du genre Xanthomonas: validation fonctionnelle de gènes candidats et rôle des effecteurs TAL."

Laboratoire d’accueil : UMR Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Angers www.angers-nantes.inra.fr/irhs

Equipe : EmerSys (Emergence, systématique et écologie des bactéries associées aux plantes) www.angers-nantes.inra.fr/irhs/Recherche/EmerSys
Encadrants : Dr Nicolas Chen 
Directrice de thèse: Dr Marie-Agnès Jacques (HDR) 
Type de financement: Angers-Loire Métropole (demande en cours)
Début de la thèse: Septembre 2014
Résumé du projet thèse: 
En l’absence de lutte chimique efficace et autorisée, la lutte génétique parait la méthode la plus pertinente pour lutter contre les phytobactérioses. A ce titre, la découverte et l’utilisation de nouvelles résistances durables pour les plantes cultivées est l’un des challenges de la prochaine décennie. Une piste pour trouver des résistances durables tient au fait que de nombreuses bactéries phytopathogènes ont une spécificité d’hôte étroite. Cette spécificité d'hôte est traduite au niveau taxonomique par la notion de pathovar (pv.), qui regroupe des souches capables d'infecter une même gamme de plantes hôtes. Identifier les déterminants de la spécificité d’hôte d’un pathosystème permettrait de proposer des méthodes de lutte génétique spécifiques et durables ayant peu d’effet sur les autres membres des biotopes. La graisse commune du haricot, causée par Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli et X. fuscans subsp. fuscans (Xap- Xff), est la bactériose la plus dévastatrice mondialement sur culture de haricot. Aussi, ce sujet de thèse vise à caractériser le rôle d’acteurs potentiels de la spécificité d’hôte entre le haricot et Xap-Xff. Suite à des analyses de génomique comparative, nous avons défini un set de gènes potentiellement impliqués dans cette spécificité d'hôte. Le travail de thèse sera de valider ces gènes in planta par délétion dans les souches d'intérêt et complémentation de souches qui en sont dépourvues. Une partie de la thèse sera focalisée sur les effecteurs Transcription Activator Like (TAL), capables d'induire la transcription de gènes cibles de la plante hôte. La validation de ces cibles sera réalisée in planta par inoculation de souches portant les TAL d'intérêt et inactivation simultanée de ces gènes par Virus-Induced Gene Silencing (VIGS). L'ensemble des travaux permettra à la fois de découvrir de nouvelles voies impliquées dans la spécificité d’hôte entre le haricot et Xap-Xff, et de proposer des stratégies de lutte durables contre la graisse commune du haricot.

Quelques publications de l'équipe en relation avec le sujet de thèse:

  • Darrasse A. et al., 2013 High-quality draft genome sequences of Xanthomonas axonopodis pv. glycines strains CFBP 2526 and CFBP 7119.. Genome Announcement 2013 Dec 12;1(6)
  • Mhedbi-Hajri N. et al., 2013 Evolutionary history of the plant pathogenic bacterium Xanthomonas axonopodis. PLoS One 8:e58474.
  • Mhedbi-Hajri N. et al., 2011 Sensing and adhesion are adaptive functions in the plant pathogenic xanthomonads BMC Evolutionary Biology 11:67

Quelques publications récentes sur les effecteurs TAL:

  • Doyle E.L. et al., 2013 TAL effectors: highly adaptable phytobacterial virulence factors and readily engineered DNA- targeting proteins. Trends in Cell Biology 23:8
  • Streubel J. et al., 2013 Five phylogenetically close rice SWEET genes confer TAL effector-mediated susceptibility to Xanthomonas oryzae pv. oryzae. New Phytologist 200: 808–819

Mots clés : spécificité d'hôte / effecteurs TAL / pathologie végétale
Pour candidater: envoyer au plus tôt un CV détaillé, une lettre de motivation, les notes et mémoire de M1 et notes de M2 (si connues), et les coordonnées de votre encadrant de stage M2. 
Date limite de réception des candidatures le 14/04/2014 (Dossiers à rendre le 30/04/2014)
Contact pour l’envoi des candidatures et renseignements complémentaires :

  • nicolas.chen@agrocampus-ouest.fr Tel: 06 52 92 34 87
  • Marie-Agnes.Jacques@angers.inra.fr Tel: 02 41 22 57 07

Offre 3 : Offre de thèse

"Modulation du débourrement des bourgeons en fonction de la disponibilité en azote chez Rosa hybrida : étude du métabolisme azoté et des mécanismes de signalisation associés"

Laboratoire d’accueil
 UMR Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Angers www.angers-nantes.inra.fr/irhs
Equipe
 Arch-E (Architecture et Environnement) : www.angers-nantes.inra.fr/irhs/Recherche/Arch-E
Directreur de thèse: Pr Alain Vian
Type de financement: Angers-Loire Métropole (demande en cours)
Début de la thèse: Septembre 2014
Résumé du projet thèse:
L’architecture est le résultat de la capacité des bourgeons axillaires à débourrer pour former des nouveaux axes. Les bourgeons, tout d’abord dormants, peuvent se développer après la floraison ou la suppression de l’apex de la tige. Ces bourgeons débourrent alors selon un gradient de l’apex vers la base de l’axe, modulé par les facteurs environnementaux, tels que la lumière (Girault, 2008 ; Henry, 2011) (figure 1).
Au laboratoire, nous avons observé que le débourrement des bourgeons axillaires est fortement affecté par la disponibilité en nitrates (Furet, 2013) : plus l'apport en nitrates est important, plus le nombre de bourgeons débourrant est élevé. D'autre part, Huché-Thélier et al. (2011) ont montré qu'une carence azotée modulait le débourrement de certains bourgeons axillaires. Ces modifications phénotypiques sont les conséquences de changements métaboliques et d'événements de signalisation que nous nous proposons d'explorer.
Un premier volet portera sur la caractérisation de l'aspect nutritionnel (Ferguson et Beveridge, 2009) et plus particulièrement du devenir de l'azote assimilé. Il s'agit de déterminer quelles sont les voies métaboliques ou les pools de molécules prioritaires dans l'assimilation de l'azote intervenant dans le processus de débourrement des bourgeons (Cline et al., 2006; Umehara et al., 2010), dans divers régimes de nutrition azotée.
Un second volet s'intéressera aux mécanismes de signalisation survenant dans le processus de débourrement des bourgeons, tant ceux pouvant prendre place à longue distance (Tamaki et Mercier, 2007), entre les racines et les bourgeons, que ceux impliqués à plus courte distance, à proximité ou dans les bourgeons. Nous considérerons particulièrement les interactions pouvant survenir avec les nitrates, les acides aminés et d'autres acteurs déjà mis en évidence chez le rosier (sucres, phytohormones) notamment dans la thèse de l’équipe soutenue cette année par F. Barbier.

Références:

Cline et al., 2008, Trees, 23: 489-500; Ferguson et Beveridge, 2009, Plant Physiol., 149: 1929-44; Furet et al., 2013, J Plant Physiol., 171 : 7-13; Girault et al., 2008, Pl Cell Environ, 31: 1534-44; Henry et al., 2011, Pl Cell Environ., 34: 1776-89; Huché-Thélier et al., 2011, Scientia Hort., 130: 325-34; Tamaki et Mercier, 2007, J Plant Physiol., 164: 1543-47; Umehara et al., 2010, Pl Cell Physiol., 51: 1118-26

Mots clés : débourrement / nutrition azotée / rosier / signalisation
Pour candidater: envoyer au plus tôt un CV détaillé, une lettre de motivation, les notes et mémoire de M1 et notes de M2 (si connues), et les coordonnées de votre encadrant de stage M2.
Date limite de réception des candidatures le 14/04/2014 (Dossiers à rendre le 30/04/2014)
Contact pour l’envoi des candidatures et renseignements complémentaires : Alain.vian@univ-angers.fr Tel: 02 41 73 53 55

Offre 4 : Poste de Technicien en Biologie des Semences (CDD de 5 mois)

L'équipe « Conservation et Tolérance à la dessiccation » de l’Institut de Recherche en Horticulture et Semences (UMR 1345 Université d’Angers, Inra, Agrocampus Ouest) recrute un(e) technicienn(e) pour une durée de 5 mois maximum.

L’objectif est de caractériser la qualité germinative des semences d’asperge dans le cadre du projet « Système innovant de production d’asperges» en collaboration avec AbbotAggra et Fleuron d’Anjou.
La personne recrutée aura en charge des tests de germination, la préparation du matériel en vue d’observations histologiques et l’extraction d’acides nucléiques.

Compétences recherchées :

  • Connaissances en physiologie et biochimie végétales.
  • Savoir utiliser les appareillages dédiés nécessaires (microscope, spectrophotomètre, pH-mètre...) Rassembler et mettre en forme les résultats des expériences.
  • Connaître les logiciels liés aux techniques expérimentales et à la présentation des résultats.
  • Des qualités de prise d'initiatives, de rigueur et d'autonomie ainsi que de la minutie et la capacité à manipuler de petits objets biologiques (de l’ordre du millimètre, coupes histologiques) sont demandées.
  • Une expérience en biologie moléculaire ou de biochimie sur le matériel végétal est un atout.

Diplômes réglementaires :

  • Baccalauréat, BP, BT, DEUG (formation scientifique ou technologique)

Conditions proposées :
Le poste est à pourvoir dès que possible. Il est localisé au Campus de Belle-Beille à Angers.
L'activité sera exercée en laboratoire et sur des plateformes analytiques de la SFR Quasav et de manière occasionnelle en chambre de culture.
Salaire indicatif 1592€ brut mensuel.

Candidature
CV + lettre de motivation à adresser par e-mail à M Olivier Leprince (olivier.leprince@agrocampus- ouest.fr).

Offre 5 : Proposition de sujet de stage Masters M2 ou Ingénieurs

Microparticules amphiphiles par microfluidique et étude de la stabilité d’interfaces liquide-liquide

Contexte :
Un des challenges actuels de l’industrie est de positionner ses produits dans la durabilité sans dégradation des produits formulés. Pour relever ce challenge, les acteurs clés de l’industrie font appel aujourd’hui à des technologies innovantes utilisant des polymères bio-sourcés. Nous développons au sein de notre équipe la microfluidique associée aux polymères d’origine naturelle pour générer des formulations innovantes extrapolables en industrie alimentaire et non-alimentaire.1-3 La microfluidique à goutte est la seule technique permettant un contrôle parfait de la composition, de la forme et de la taille des microparticules. Nous avons ainsi mis au point un circuit microfluidique autorisant la production de microparticules amphiphiles à base d’alginate dont les propriétés de stabilisation des interfaces liquide-liquide ont été démontrées. L’objectif du programme de stage est d’orienter la production de ces microparticules vers la stabilisation d’émulsions Pickering, émulsions stabilisées par des particules colloïdales aujourd’hui en plein essor dans de nombreux secteurs industriels du fait de leur très grande stabilité dans le temps. La modulation de la formulation des microparticules ainsi que des conditions utilisées en microfluidique autoriseront la production de microparticules de taille variable, condition nécessaire à la stabilisation des émulsions Pickering. Ces microparticules formulées seront ensuite testées sur des formulations d’émulsions alimentaires et non-alimentaires.

Objectifs :

  1. Formulation d’émulsions
  2. Utilisation de la microfluidique pour la production de microparticules amphiphiles
  3. Etude de la stabilité d’émulsions stabilisées par les microparticules amphiphiles

Méthodologie :

  1. Microfluidique à goutte et conception de microcircuits
  2. Microscopie confocale et étude structurale des microparticules
  3. Microscopie optique et turbidimétrie pour le suivi des émulsions dans le temps

Références

  • M. Marquis, D. Renard, B. Cathala (2012) Microfluidic generation and selective degradation of biopolymer-based Janus microbeads. Biomacromolecules, 13, 1197-1203.
  • M. Marquis, J. Davy, A. Fang, D. Renard (2013) Microfluidics assisted diffusion self-assembly: towards a control of shape of pectin hydrogel microparticles. Biomacromolecules, soumis pour publication
  • M. Marquis, J. Davy, B. Cathala, A. Fang, D. Renard (2013) Microfluidics assisted generation of innovative polysaccharides hydrogel microparticles. Carb. Polym., soumis pour publication
  • Laboratoire d'accueil : BIA, INRA Nantes-Angers, équipe Nano

Responsables scientifiques : Mélanie Marquis et Denis RENARD
Contact : melanie.marquis@nantes.inra.fr (02 40 67 51 07) et denis.renard@nantes.inra.fr (02 40 67 50 52)

Date limite pour postuler : 1er semestre 2014

Offre 6 : Proposition de sujet de stage Masters M2 ou Ingénieurs

Microparticules amphiphiles par microfluidique et étude de la stabilité d’interfaces liquide-liquide

Contexte :
Un des challenges actuels de l’industrie est de positionner ses produits dans la durabilité sans dégradation des produits formulés. Pour relever ce challenge, les acteurs clés de l’industrie font appel aujourd’hui à des technologies innovantes utilisant des polymères bio-sourcés. Nous développons au sein de notre équipe la microfluidique associée aux polymères d’origine naturelle pour générer des formulations innovantes extrapolables en industrie alimentaire et non-alimentaire.1-3 La microfluidique à goutte est la seule technique permettant un contrôle parfait de la composition, de la forme et de la taille des microparticules. Nous avons ainsi mis au point un circuit microfluidique autorisant la production de microparticules amphiphiles à base de pectine de morphologie « champignon » dont les propriétés de stabilisation des interfaces liquide-liquide ont été démontrées. L’objectif du programme de stage est d’orienter la production de ces microparticules vers la stabilisation d’émulsions Pickering, émulsions stabilisées par des particules colloïdales aujourd’hui en plein essor dans de nombreux secteurs industriels du fait de leur très grande stabilité dans le temps. La modulation de la formulation des microparticules ainsi que des conditions utilisées en microfluidique autoriseront la production de microparticules de taille variable, condition nécessaire pour la stabilisation des émulsions Pickering. Ces microparticules formulées seront ensuite testées sur des formulations d’émulsions alimentaires et non-alimentaires.

Objectifs :

  1. Formulation d’émulsions.
  2. Utilisation de la microfluidique pour la production de microparticules amphiphiles.
  3. Etude de la stabilité d’émulsions stabilisées par les microparticules amphiphiles.

Méthodologie :

  1. Microfluidique à goutte et conception de microcircuits
  2. Microscopie confocale et étude structurale des microparticules
  3. Microscopie optique et turbidimétrie pour le suivi des émulsions dans le temps

Références

  • M. Marquis, D. Renard, B. Cathala (2012) Microfluidic generation and selective degradation of biopolymer-based Janus microbeads. Biomacromolecules, 13, 1197-1203.
  • M. Marquis, J. Davy, A. Fang, D. Renard (2013) Microfluidics assisted diffusion self-assembly: towards a control of shape of pectin hydrogel microparticles. Biomacromolecules, soumis pour publication
  • M. Marquis, J. Davy, B. Cathala, A. Fang, D. Renard (2013) Microfluidics assisted generation of innovative polysaccharides hydrogel microparticles. Carb. Polym., soumis pour publication

Responsables scientifiques : Mélanie Marquis et Denis RENARD
Contact : melanie.marquis@nantes.inra.fr (02 40 67 51 07) et denis.renard@nantes.inra.fr (02 40 67 50 52)

Date limite pour postuler : 1er semestre 2014