• Réduire le texte

    Réduire le texte
  • Rétablir taille du texte

    Rétablir taille du texte
  • Augmenter le texte

    Augmenter le texte
  • Imprimer

    Imprimer

21 fév 2019

Thèse doctorat

Soutenance de Valérian Meline (UMR IRHS)

Soutenance de thèse sur : "Phénotypage de l’impact d’effecteurs de type 3 sur les tissus végétaux par imagerie de fluorescence de chlorophylle".

Mis à jour le 19/02/2019
Publié le 07/02/2019
Mots-clés :

Valérian MELINE

Doctorant à l'unité de recherche IRHS

Date et lieu de soutenance :  Jeudi 21 février 2019 à 9h dans l’Amphi D Bat A, Université d’Angers

Titre : "Phénotypage de l’impact d’effecteurs de type 3 sur les tissus végétaux par imagerie de fluorescence de chlorophylle".

Jury :

  • Frédéric COINTAULT - rapporteur
  • Némo PEETERS - rapporteur
  • Alain BOUCHEREAU - examinateur
  • Claudine LANDES - examinateur
  • David LEGLAND - examinateur
  • Elisabeth FOURNIER - examinateur
  • Tristan BOUREAU - Directeur de thèse
  • Etienne BELIN - Co-directeur de thèse

 
Résumé :

Le phénotypage de l’impact des effecteurs de type 3 (ET3s) sur les tissus végétaux se heurte souvent aux limites de sensibilité et de débit des appréciations visuelles d’experts. L’objectif de cette thèse était d’exploiter les potentialités de l’imagerie de fluorescence de chlorophylle pour le phénotypage de l’impact des ET3s de bactéries du genre Xanthomonas sur les tissus végétaux. Ainsi, l’amélioration du débit de phénotypage par une approche de segmentation automatisée des symptômes appliquée au phénotypage d’une collection de souche de Xanthomonas pathogènes sur haricot, a permis de s’intéresser à la corrélation entre le pouvoir pathogène et la composition des répertoires d’ET3s de ces souches. De plus, l’amélioration de la sensibilité du phénotypage a permis de caractériser l’impact de l’acquisition de gènes impliqués dans la sécrétion des ET3s sur les risques d’émergences de nouvelles bactéries phytopathogènes. Enfin le développement d’une méthode d’analyse d’image permettant la combinaison de l’information portée par différents paramètres de fluorescence de chlorophylle a permis de discriminer de manière pertinente l’impact d’ET3s sur les tissus végétaux dans des situations non différentiables par des appréciations visuelles. De tels résultats ouvrent des perspectives intéressantes pour la recherche de signatures spécifiques de l’impact d’ET3s sur les tissus végétaux.

Mots clés : Imagerie de fluorescence de chlorophylle ; Analyse d’image ; Phénotypage ; Effecteur de type 3 ; Xanthomonas

Abstract:

Phenotyping the impact on plant tissues of type 3 effectors using chlorophyll fluorescence imaging.

Phenotyping biotic stresses in plant pathogen interactions studies is often hindered by phenotypes that can hardly be discriminated by visual assessment. Particularly, single gene mutants in type 3 effectors (T3Es) could lack visible phenotypes. This PhD work aimed at evaluating the abilities of chlorophyll fluorescence imaging technique to phenotype the impact of T3Es of Xanthomonas on leaf tissues. Image segmentation method was developed to contribute to enhance the throughput in phenotyping the virulence on Phaseolus vulgaris of large collections of strains of Xanthomonas harboring distinct repertoires of T3Es. Moreover using classical chlorophyll fluorescence parameters that allowed improving sensibility of the phenotyping, the impact of the acquisition of genes that participate to T3Es secretion on the emergence of novel pathogenic bacteria was evaluated. Finally, a computation method allowing gathering and integrating the information from large number of chlorophyll fluorescence parameters was developed. This computation method allowed an efficient discrimination of T3Es impact which induces visually similar phenotypes. Such discrimination constitutes an advance in the identification of specific signatures of T3Es on leaf tissues

Keywords: Chlorophyll fluorescence imaging; Image analysis; Phenotyping; Type 3 effector; Xanthomonas

Contact(s)
Centre(s) associé(s) :
Pays de la Loire