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08 déc 2017

Soutenance de thèse. © Inra

Soutenance de Racem Ben Romdhane (BIOEPAR)

Soutenance de thèse sur : "Assessment of the effectiveness of bovine paratuberculosis control strategies : genetic selection or reduction of exposure in herds".

Mis à jour le 20/12/2017
Publié le 03/12/2017
Mots-clés :

Racem Ben Romdhane

Doctorant à l'unité de recherche BIOEPAR

Date de soutenance : 8 décembre à 13h30, Amphithéâtre Godfrain, Oniris, Nantes

Titre : "Assessment of the effectiveness of bovine paratuberculosis control strategies : genetic selection or reduction of exposure in herds"

Jury

  • Benoît DURAND, Directeur de recherche, ANSES - France - Rapporteur
  • Javier GUITIAN, Professor, RVC - United Kingdom - Rapporteur
  • Maarten WEBER, Senior researcher, GD Animal Health Service - The Netherlands  - Examinateur
  • Carole MORENO-ROMIEUX, Directrice de recherche, INRA - France - Examinateur
  • Simon John MORE, Professor, UCD - Ireland - Invité
  • Pauline EZANNO, Directrice de recherche, INRA - France - Directrice de Thèse
  • Christine FOURICHON, Maitre de conférence, ONIRIS / INRA - France - Co-directrice de Thèse

Résumé :

La paratuberculosis (PTB) est une maladie endémique des ruminants causée par Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (Map). Les stratégies de maîtrise actuelles ne sont pas suffisamment efficaces. La réponse à l'exposition à Map varie entre les animaux avec une part de déterminisme génétique. Des marqueurs génétiques pourraient permettre une sélection. L'objectif était d'évaluer par modélisation l'efficacité potentielle attendue de stratégies de maîtrise utilisant la sélection génétique ou la réduction de l'exposition en élevage.
Nous avons identifié quatre traits phénotypiques de résistance influençant principalement la propagation de Map à l'échelle du troupeau et montré la valeur ajoutée de leur amélioration simultanée. Nous avons évalué l'effet de l'environnement du troupeau et du système d’élevage sur la propagation et la maîtrise de Map. Nous avons montré une différence d’efficacité des stratégies de maîtrise les plus pertinentes entre deux systèmes d'élevage bovins laitiers contrastés d'Europe: l'ouest de la France et l'Irlande. Nous avons évalué l'efficacité que pourrait apporter la sélection génomique en évaluant le temps nécessaire pour atteindre des niveaux de variation des traits sélectionnés permettant un bon contrôle de l‘infection sous l’hypothèse que des marqueurs de sélection soient disponibles. Nous avons identifié 2 paramètres du modèle de sélection génomique influents sur l’efficacité de la sélection. Notre modèle permet d’intégrer de nouvelles connaissances biologiques sur le déterminisme génétique de la résistance à Map pour évaluer des stratégies de maîtrise complexes comprenant une composante de sélection génomique.

Mots clés : modélisation épidémiologique, paratuberculose bovine, stratégies de maîtrise, sélection génomique, échelle du troupeau.

Abstract :

Assessment of the effectiveness of bovine paratuberculosis control strategies: genetic selection or reduction of exposure in herds

Paratuberculosis (PTB) is an endemic disease of ruminants caused by Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (Map). Current control strategies are not effective enough. The response to Map exposure varies between animals with evidence of a partial genetic determinism. Genetic markers could allow selection. The objective was to assess the potential expected effectiveness of control strategies relying on genetic selection or reduction of exposure in herds, using a modelling approach.
We identified four phenotypic traits of resistance mainly influencing the spread of Map at the herd scale and showed the added value of their simultaneous improvement. We evaluated the effect of the herd environment and management on the spread and control of Map. We showed a difference in effectiveness of the most relevant control strategies between two contrasting dairy cattle systems in Europe: western France and Ireland. We evaluated the effectiveness of genomic selection by assessing the time required to reach levels of variation in the selected traits allowing to achieve a good control of infection, assuming that associated genomic markers could be available. Effectiveness of selection was mainly influenced by 2 of the parameters of the developed genomic selection model. Our model allows to account for future knowledge about the genetic determinism of cattle resistance to Map in order to assess the effectiveness of complex control strategies including a genomic selection component.

Key Words: epidemiological modelling, bovine paratuberculosis, control strategies, genomic selection, herd scale.

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Pays de la Loire