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19 déc 2017

Soutenance de thèse. © Inra

Soutenance de Mylène Ruh (IRHS)

Soutenance de thèse sur : "Déterminisme de la spécificité d’hôte et rôle des effecteurs TAL dans l’interaction Xanthomonas – haricot". Thèse de doctorat d'Agrocampus Ouest.

Mis à jour le 01/12/2017
Publié le 01/12/2017
Mots-clés :

Mylène RUH

Doctorante à l'unité de recherche IRHS

Date de soutenance : 19 décembre à 14h, amphi André Leroy (D) à Agrocampus Ouest, Angers

Titre : "Déterminisme de la spécificité d’hôte et rôle des effecteurs TAL dans l’interaction Xanthomonas – haricot"

Jury

  • Laurent NOËL, Directeur de recherche INRA Castanet-Tolosan - Rapporteur
  • Valérie GEFFROY, Directrice de recherche Institute of Plant Sciences Paris Saclay - Rapporteur
  • Boris SZUREK, Chargé de recherche IRD Montpellier - Examinateur
  • Alia DELLAGI, Maître de conférence INRA Versailles - Examinateur
  • Thomas GUILLEMETTE, Professeur Université Angers - Examinateur
  • Mathilde BRIARD, Professeure Agrocampus Ouest - Examinateur
  • Marie-Agnès JACQUES, Directrice de recherche INRA, Angers - Directrice de Thèse
  • Nicolas CHEN, Maître de conférence Agrocampus Ouest - Co-directeur de Thèse

Résumé :

Déterminisme de la spécificité d’hôte et rôle des effecteurs TAL dans l’interaction Xanthomonas - haricot

La graisse commune est la principale phytobactériose du haricot. Cette maladie est causée par Xanthomonas citri pv. fuscans (Xcf) et X. phaseoli pv. phaseoli (Xpp). Xcf et Xpp étant phylogénétiquement distantes, leur capacité à produire les mêmes symptômes sur haricot serait le fruit d’une convergence pathologique. L’objectif de cette thèse était d’identifier les gènes candidats pour la spécificité d’hôte et d’étudier le rôle des effecteurs Transcription Activator-Like (TAL) dans l’interaction Xanthomonas - haricot. Par une approche de génomique comparative, nous avons identifié 116 gènes spécifiques des agents de la graisse commune, dont un grand nombre a été transféré horizontalement entre Xcf et Xpp. Ces gènes codent des protéines intervenant aux différentes étapes de l’interaction. L’obtention du génome de 17 souches par séquençage Single-Molecule Real-Time a révélé l’existence de un à trois gènes codant des effecteurs TAL par souche, pour un total de quatre gènes tal différents dont deux (tal23A et tal18H) ont été également transférés horizontalement entre Xcf et Xpp. L’ensemble de ces gènes constitue un répertoire spécifique de Xcf et Xpp qui pourrait expliquer la convergence pathologique entre ces pathovars. Des tests de pouvoir pathogène couplés à des analyses transcriptomiques après inoculation d’un mutant de délétion de tal18H sur haricot ont révélé que TAL18H était impliqué dans l’aggravation des symptômes et avait un effet pléiotrope sur le transcriptome du haricot lors de l’interaction. Les résultats de cette thèse constituent une première étape vers l’optimisation de la lutte contre la graisse commune du haricot.

Mots clés : graisse commune du haricot, Phaseolus vulgaris, transfert horizontal de gène, adaptation à l’hôte

Abstract

Determinism of host specificity and role of TAL effectors in Xanthomonas - bean interaction

Common bacterial blight is the main bacterial disease of common bean. This disease is caused by Xanthomonas citri pv. fuscans (Xcf) and X. phaseoli pv. phaseoli (Xpp). Xcf and Xpp are phylogenetically distant yet they share the ability to induce the same symptoms on common bean, which is suggestive of pathological convergence between these two pathovars. This thesis aimed at identifying candidate genes for host specificity and studying the role of Transcription Activator-Like (TAL) effectors in the Xanthomonas – common bean interaction. Using a comparative genomic approach, we identified 116 genes specific to common bacterial blight agents, a large number of which were horizontally transferred between Xcf and Xpp. These genes encoded proteins involved in the different steps of the interaction. Single-Molecule Real-Time sequencing of 17 Xcf and Xpp genomes unveiled one to three TAL-encoding genes per strain for a total of four different tal genes, two of which (tal23A and tal18H) were also horizontally transferred between Xcf and Xpp. All these genes form a repertoire specific to Xcf and Xpp that could be responsible for the pathological convergence observed between these two pathovars. Combination of pathogenicity tests and transcriptomics after inoculation of a tal18H deletion mutant on common bean plants revealed that TAL18H was involved in symptom development and displayed a pleiotropic effect on common bean transcriptome during the interaction. The results of this thesis constitute a stepping stone towards optimizing the monitoring of common bacterial blight of bean.

Key words: common bacterial blight of bean, Phaseolus vulgaris, horizontal gene transfer, host adaptation

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Pays de la Loire