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27 juin 2017

Soutenance de thèse. © Inra

Soutenance de Amélie Rouger (SECALIM)

Soutenance de thèse sur :"Description et comportement des communautés bactériennes de la
viande de poulet conservées sous atmosphère protectrice".

Mis à jour le 11/06/2017
Publié le 10/06/2017
Mots-clés :

Amélie ROUGER

Doctorante à l'unité de recherche SECALIM

Date de soutenance : 27 juin à 10h sur le site d'Oniris La Géraudière

Titre : "Description et comportement des communautés bactériennes de la
viande de poulet conservées sous atmosphère protectrice"

Jury :

  • Jean-Pierre GUYOT, Directeur de recherche, IRD, Montpellier, France - Rapporteur
  • Frédéric LEROY, Professeur, Université de Bruxelles, Belgique - Rapporteur
  • Johanna BJORKROTH, Professeur, Université d’Helsinki, Finlande - Examinateur
  • Pascal BONNARME, Directeur de recherche, INRA, Grignon, France - Examinateur
  • Marie-Christine CHAMPOMIER-VERGES, Directrice de recherche, INRA, Jouy-en-Josas - Examinateur
  • Monique ZAGOREC, Directrice de recherche, INRA/Oniris, Nantes, France - Directrice de Thèse
  • Hervé PREVOST, Professeur, INRA/Oniris, Nantes, France - Co-encadrant de Thèse
  • Benoît REMENANT, Chargé de Projet, Anses, Angers, France - Co-encadrant de Thèse

Résumé :

Contrôler les bactéries altérantes des aliments, notamment les produits carnés crus, est un enjeumajeur pour les industries agroalimentaires. Les conditions de stockage de la viande sous différentes atmosphères exercent une pression de sélection et modifient le comportement et le développement des communautés bactériennes initialement présentes. Des méthodes de séquençage à haut débit, utilisées pour caractériser différents écosystèmes microbiens, ont été appliquées pour étudier la dynamique des communautés bactériennes de la viande de poulet au cours du stockage.
Nous avons développé une méthode pour constituer des écosystèmes microbiens standards dont la composition a été déterminée par pyroséquençage du gène de l’ARNr 16S. La présence de Brochothrix thermosphacta et de Pseudomonas parmi les espèces dominantes a été confirmée et nous avons mis en évidence que Shewanella et Carnobacterium étaient sous dominantes. Nous avons sélectionné deux écosystèmes pour effectuer des challenges tests reproductibles sur de la viande de poulet conservée sous 3 atmosphères couramment utilisées. Une analyse métatranscriptomique et métagénomique a été réalisée afin de savoir “Quelles bactéries étaient présentes ?”, “Qu’étaient-elles capables de faire?” et “Qu’exprimaientelles?” suivant les conditions.
Nous avons ainsi pu évaluer l’impact des mélanges gazeux sur la dynamique bactérienne et les fonctions exprimées par les bactéries suivant les contaminants initiaux. Cela nous donne des pistes pour fournir des indications afin d’optimiser la conservation de la viande en contrôlant les écosystèmes microbiens.

Abstract
Controlling spoilage microorganisms, especially in raw meat products, is challenging for the food industry. Storage conditions such as modified atmosphere packaging (MAP) have selective effects on the microbiota dynamics. Thanks to the recent development of next generation sequencing methods widely used for characterizing microbes in different ecosystems, we studied bacterial community dynamics during chicken meat storage.
We developed a method to constitute a standard meat microbial ecosystem hosting known bacterial species previously described by 16S rRNA sequencing. Our results confirmed the presence of Brochothrix thermosphacta and Pseudomonas and we also showed the presence of subdominant species as Shewanella and Carnobacterium. We selected 2 bacterial communities enabling reproducible challenge tests on meat during 9 days of storage at 4°C under 3 different atmospheres currently used in the industry. Metatranscriptomic and metagenomic analyses were performed to know “Who is there?”, “What can they do?” and “What are they expressing?” depending on the gaseous mixtures and on the initial microbiota. Consequently, we could evaluate the impact of storage atmosphere on the microbiotas dynamics and on the functions the bacteria expressed, depending on the storage condition and on the nature of the bacterial communities present. This led to indications of optimized storage conditions of poultry meat by managing their ecosystems

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