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Master 2 en microbiologie

L'UMR SECALIM propose un sujet de Master 2 sur "Détermination du sous-sytème de régulation de CosR chez Campylobacter jejuni par ChIP-SEQ"

Publié le 04/09/2017
Mots-clés :

Sujet : Détermination du sous-sytème de régulation de CosR chez Campylobacter jejuni par ChIPSEQ

Mots-clés : Microbiologie, sécurité des aliments, pathogène alimentaire, interaction protéine-ADN, ChIPSeq 
 


Nom de l’établissement d’accueil : Oniris-Inra ;  UMR 1014 Secalim sur le site Oniris de la Chantrerie à Nantes (https://www6.angers-nantes.inra.fr/secalim) 
 


Contact : Odile Tresse (CR-HDR, INRA) odile.tresse@oniris-nantes.fr; Alizée Guérin (Postdoc, INRA) alizee.guerin@oniris-nantes.fr 
 


Contexte scientifique : Campylobacter jejuni est la cause majeure d’infections bactériennes gastro-intestinales d’origine alimentaire en France et en Europe depuis une décennie. Les études épidémiologiques montrent une progression constante des cas de campylobactériose en Europe avec un coût estimé à 2,4 milliards d'euros par an. Ce pathogène est principalement hébergé dans l’intestin des oiseaux. Sa charge importante, mais néanmoins asymptomatique chez les volailles, est responsable de la transmission de la maladie à l'homme après ingestion de la viande contaminée. Cette bactérie décrite comme microaérophile ne se multiplie pas sur les aliments, néanmoins elle révèle des capacités de survie surprenantes. Les scientifiques s’interrogent donc sur sa capacité à survivre et à résister aux conditions rencontrées durant le cycle de vie d’un produit alimentaire. Une étude de complexomique au niveau de la membrane de C. jejuni conduite au laboratoire nous a permis d'identifier la présence de sites potentiels de régulation de certains de ces complexes par le régulateur CosR, originellement décrit comme intervenant dans la réponse au stress oxydant. Nous avons montré récemment que cette protéine essentielle avait plutôt un rôle pléitropique chez C. jejuni.  
 


Sujet : Ce projet vise donc à déterminer l'ensemble des gènes de ce régulon dans le génome de C. jejuni. L’identification des sites de liaison de CosR à l’ADN se fera par une méthode de Chromatin Immuno-Precipitation Sequencing (ChIP-Seq). Le ChIP-Seq  permet d'isoler les fragments d'ADN qui interagissent spécifiquement avec un régulateur en utilisant des anticorps spécifiques de la protéine d’intérêt. L’immunoprécipitation de la chromatine combinée au séquençage haut débit permet ensuite d'identifier les gènes impliqués dans ce régulon. Plusieurs étapes nécessaires à cette étude ont déjà été validées au laboratoire. Il s'agit ici de finaliser la mise au point de l'étape d'immuno-précipitation avec des anticorps antiCosR puis ensuite d'analyser les séquences.  
Ce stage permettra à l’étudiant(e) de se familiariser avec la manipulation en P2, de mettre en application des méthodes de bactériologie (culture bactérienne sous atmosphère contrôlée), de biologie moléculaire (extraction d’ADN, PCR) et de NGS (next generation sequencing) avec le ChIP-Seq.  
 


Profil du candidat : Nous recherchons un(e) étudiant(e) en master 2 sérieux (se), appliqué(e) et organisé(e) ayant une expérience en microbiologie et des connaissances dans les domaines de la microbiobiologie alimentaire et de la biologie moléculaire.  Une  connaissance ou une pratique en immunoprécipation, dot-blot ou bioanalyse de séquences ADN serait un plus. Il (Elle) fera preuve de curiosité scientifique, d’organisation dans le travail seul(e) et en équipe ainsi qu’une certaine autonomie. Anglais lu et écrit indispensable. 
 


Documents à envoyer : CV + lettre de motivation + diplôme et notes obtenus au cours de l'année 2016-2017.